Поверхность территории области представлена двумя типами рельефа: горным и равнинным. Горные районы - это южная часть обширной Хингано-Буреинской горной системы, занимающая более 1/3 территории ЕАО. Горный комплекс Малого Хингана на территории области представлен расположенными почти параллельно хребтами северо-восточного простирания: Малым Хинганом, Сутарским, Помпеевским и Щуки-Поктоем. Направление их совпадает с общим направлением основных горных систем Дальнего Востока. В основном горы низкие, отличаются сглаженными формами вершин и имеют вид крупнохолмистой страны. Наиболее высокие участки расположены на севере автономии. Их крутые склоны глубоко рассечены долинами горных притоков реки Большой Биры Наивысшей точкой автономии является гора Студенческая, с отметкой 1 421 метр, расположенная на крайнем севере ЕАО. Другие значительные высоты – Чербукондя (1 360 м), Быдыр (1 207 м), Царь (1 103 м).
Островные горы, протянувшиеся через центральные равнины области. Представлены горными массивами Ульдуры, Даур, Большие Чурки и сопками Волочаевской. Петровскими. Венцелевскими и другими высотами, порой даже не нарушающими равнинный характер местности.
На юге и юго-востоке области простирается Среднеамурская (Амуро-Сунгарийская) аллювиальная низменность. Равнина постепенно понижается от 100-150 м у подножия предгорий Малого Хингана до 50-40 м в пойме Амура. Равнина в автономии разделена на два района. Первый из них, занимающий основную часть бассейна реки Биджан, отличается вогнутой поверхностью. Равнина здесь похожа на блюдце, наклоненное к югу, дно которого занято поймой реки Бира и ее многочисленными притоками. Второй участок равнины, заключенный в треугольнике между Амуром, Ульдуро-Биджанской цепью гор и рекой Урми, представляет плоскую поверхность.
По территории Еврейской автономной области проходит геологический разлом Тан-Лу, начинающийся в Китае и идущий в сторону Сахалина. Территория Еврейской автономной области находится в зоне повышенного сейсмического риска с расчетной сейсмической интенсивностью 8 баллов по 12-балльной шкале MSK. Зоной высокой сейсмической опасности по долгосрочному прогнозу остается Облученский, Октябрьский районы и Биробиджан.